en معرفی دو جایگاه جدید VNTR9 و VNTR10 برای ژنوتیپ میکروبیولوژی میکروبیولوژی پژوهشي(توصیفی- تحلیلی) Research <span class="tlid-translation translation" lang="fa">زمینه و هدف: Bordetella pertussis ، عامل بیماری سرفه بزرگ ، همچنان در آن دسته از جمعیت هایی که نوزادان و کودکان به طور معمول واکسینه می شوند ، همچنان باعث آلوده شدن میزبان انسان می شود. علل اپیدمیولوژی سیاه سرفه کاملاً مشخص نشده است مگر اینکه سویه های پاتوژن با وسیله مولکولی مشخص شود. از نظر گلبالی ، تعداد متغیرهای چند متغیره از آزمایش تکرارهای پشت سر هم (MLVA) در نظارت بین آزمایشگاهی از مهمترین بیماریهای باکتریایی جهان بسیار مفید است. این کار به منظور بهبود روش تایپ MLVA فعلی توسعه یافته توسط Schouls در سال 2004 انجام شد.<br> مواد و روشها: در این مطالعه سلیکو به طور مقایسه ای بر روی کل ژنوم 5 سویه آزمایشگاهی و واکسنی B. pertussis سپرده شده در پایگاه داده های ژنوم NCBI با استفاده از نرم افزار Tandem Repeat Finder انجام شد. پروتکل های PCR سپس به منظور فعال کردن تقویت همزمان مکان های یافت شده به تصویب رسید. تجزیه و تحلیل ژنومی مقایسه ای بیشتر از 20 سویه شناخته شده در جهان B. pertussis از منشاء مختلف مکانی و زمانی با استفاده از مکان های جدید VNTR کشف شده انجام شد.<br> یافته ها: دو جایگاه پلی مورفیک تکرار پشت سر هم (TRS) با 6 (AAGCCC) و 9 (GGCTGGCCG) نوکلئوتیدها شناسایی شدند و به ترتیب VNTR9 و VNTR10 تعیین شدند. استفاده از این نمونه ها بر روی الگوهای ژنومی از گونه های واکسن B. pertussis 107 و B. pertussis 509 که توسط موسسه رازی در ساخت واکسن پتروسیس استفاده شده است ، منجر به تولید موفقیت آمیزه های PCR از هر دو سویه شد. شاخص های تنوع Nei از 0.38 و 0.1 توسط این مکان ها به ترتیب در تجزیه و تحلیل ژنومی مقایسه ای از گونه های B. pertussis از سراسر جهان بدست آمد.<br> نتیجه گیری: فرض می کنیم گنجاندن VNTR9 و VNTR10 در تجزیه و تحلیل MLVA ایزوله های بالینی B. pertussis در بهبود درک فعلی از سیاه سرفه در ایران مفید است.</span> <strong><em>Background & Aims</em></strong>: <em>Bordetella pertussis</em>, the causative agent of whooping cough, continues to infect human hosts even in those populations where infants and children are routinely vaccinated. Causes of pertussis epidemiology are not fully identified unless strains of the pathogen are characterized by molecular means. Golbally, Multi Locus Variable Number of Tandem Repeats analysis (MLVA) has proved very useful in inter-laboratory surveillance of majoriy of world most important bacterial diseases. This work was conducted to improve the current MLVA typing method developed by Schouls in 2004<strong>.</strong><br> <strong><em>Materials & Methods</em></strong>: An in silico search was comparatively conducted on the whole genomes of 5 laboratory/vaccine strains of <em>B. pertussis</em> deposited in the NCBI genome database by Tandem Repeat Finder software. PCR protocols were then adopted to enable simultaneous amplification found loci. A further comparative genomic analysis of 20 world-known <em>B. pertussis</em> strains from diverse spatial and temporal origins was performed using the detected new VNTR loci<u>.</u><br> <strong><em>Results</em></strong>: Two polymorphic loci carrying tandem repeats (TRs) with 6 (AAGCCC) and 9 (GGCTGGCCG) nucleotides were detected and designated as VNTR9 and VNTR10, respectively. Application of these on genomic templates from <em>B. pertussis</em> 107 and <em>B. pertussis</em> 509 vaccine strains used by Razi institute in manufacturing the pertussis vaccine resulted in succesful production of PCR amplicons from both strains. Nei&#39;s diversity indices of 0.38 and 0.1 were achieved by these loci, respectively in comparative genomic analysis of <em>B. pertussis</em> strains from across the world.<br> <strong><em>Conclusion</em></strong>: We assume inclusion of VNTR9 and VNTR10 in MLVA analysis of clinical isolates of B. pertussis is useful in improving current understanding of pertussis in Iran. سرفه بزرگ , اپیدمیولوژی , سویه ها whooping cough,Epidemiology,Strains, 33 41 http://umj.umsu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-3252-1&slc_lang=en&sid=1 FARNAZ BOROUMAND AZAD FARNAZ BOROUMAND AZAD boroumandfarnaz@gmail.com 3700319475328460025327 3700319475328460025327 No Razi Vaccine and Serum Research Institute, Karaj, Iran موسسه تحقیقات واکسن و سرم رازی ، کرج ، ایران KEYVAN TADAYON کیوان تدیون mmb093@gmail.com 3700319475328460025328 3700319475328460025328 Yes Associate Professor of Microbiology, Razi Vaccine and Serum Research Institute, AREEO, Karaj, Iran موسسه تحقیقات واکسن و سرم رازی ، کرج ، ایران MOJTABA NOOFELI مجتبی نوفلی noofeli1234@yahoo.com 3700319475328460025329 3700319475328460025329 No Associate Professor of Microbiology, Razi Vaccine and Serum Research Institute, AREEO, Karaj, Iran موسسه تحقیقات واکسن و سرم رازی ، کرج ، ایران RAINAK GHADERI رایناک قادری rainakghaderi@gmail.com 3700319475328460025330 3700319475328460025330 No Associate Professor of Microbiology, Razi Vaccine and Serum Research Institute, AREEO, Karaj, Iran موسسه تحقیقات واکسن و سرم رازی ، کرج ، ایران MOHAMMAD SEKHAVATI محمد سخاوتی m.sekhavati22@gmail.com 3700319475328460025331 3700319475328460025331 No Associate Professor of Microbiology, Razi Vaccine and Serum Research Institute, AREEO, Karaj, Iran موسسه تحقیقات واکسن و سرم رازی ، کرج ، ایران SAMANEH SAEDI سمانه سعیدی saedi.s2015@yahoo.com 3700319475328460025332 3700319475328460025332 No Pasteure Institute انستیتوی پاستور MASOUMEH FATAH MOGHADAM معصومه فتاح مقدم lidafatah@gmail.com 3700319475328460025333 3700319475328460025333 No Islamic Azad University, Damghan Branch دانشگاه آزاد اسلامی واحد دامغان EBRAHIM ABBASI ابراهیم عباسی mmb093@gmail.com 3700319475328460025334 3700319475328460025334 No Associate Professor of Microbiology, Razi Vaccine and Serum Research Institute, AREEO, Karaj, Iran موسسه تحقیقات واکسن و سرم رازی ، کرج ، ایران